1、微波與被分離物質的直接作用
由于微波具有穿透能力，因而可以直接與樣品中有關物質分子或分子中的某個基團作用，被微波作用的分子或基團，很快與整個樣品基體或其大分子上的周圍環境分離開，從而使分離速度加快並提高萃取率。這種微波與被分離物質的特殊作用，可以稱爲微波的激活作用。
2、微波萃取使用極性溶劑比用非極性溶劑更有利
因爲極性溶劑吸收微波能，從而提高溶劑的活性，使溶劑和樣品間的相互作用更有效。
3、應用密閉容器
使微波萃取可在比溶劑沸點高得多的溫度下進行，從而顯著地提離微波萃取的速率。由于在高的溫度和壓力下化學反應速率比在低溫和常壓下高得多，因此，密閉容器帶來的高溫非常明顯地提高了微波萃取的萃取率並減少了制樣所需的時間。但是需要指出，錯誤的操作或不適宜的操作條件容易造成爆炸，使用微波萃取要注意安全。
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